Միկրոօրգանիզմ միկրոս, փոքր և , օրգանիզմ բառերից) կամ մանրէն մանրադիտակային օրգանիզմ է, որը կարող է լինել միաբջիջ կամ բազմաբջիջ։ Միկրոօրգանիզմների մասին գիտությունը միկրոկենսաբանությունն է կամ միկրոբիոլոգիան, որը ծագել է 1673 թվականին Անտոն Վան Լեվենհուկի կողմից սեփական ստեղծած մանրադիտակով միկրոօրգանիզմների հայտնաբերումից հետո։ 2013 թվականի նոյեմբերի 8-ին, գիտնականները հայտնաբերեցին Երկրի վրա կյանքի ամենավաղ ենթադրելի նշանները՝ ցիանոբակտերիաների ամենահին նստվածքները, որոնք ունեն մոտավորապես 3,48 միլիարդ տարի հնություն։

Միկրոօրգանիզմները շատ տարբեր են, ընդգրկում են բոլոր պրոկարիոտները՝ բակտերիաներ և արքեաներ, ինչպես նաև տարբեր էուկարիոտներ, որոնք կարող են լինել նախակենդանիներ, սնկեր, ջրիմուռներ, մանրադիտակային բույսեր (կանաչ ջրիմուռ) և կենդանիներ (օրինակ՝ պտտաորդեր և պլանարիաներ)։ Որոշ գիտնականներ վիրուսները նույնպես դասում են այս խմբի մեջ, իսկ մի մասը կարծում է, որ վիրուսները կենդանի չեն։ Միկրոօրգանիզմների մեծամասնությունը ունի մանրադիտակային մեծություն, բայց որոշները օրինակ՝ Thiomargarita namibiensis կարող են դիտվել նաև անզեն աչքով։ միկրոօրգանիզմները տարածված են ամբողջ կենսոլորտում, այդ թվում՝ հողում, տաք աղբյուրներում, օվկիանոսի հատակում, կենսոլորտի վերին և ստորին սահմաններում։